Deskripsi：Tiga dekade setelah perang besar antara manusia dan Zentradi, pemerintah U.N. mengembangkan teknologi baru untuk digunakan pada pesawat tempur transformasi mereka dengan melakukan uji coba di planet koloni Eden. Pilot uji militer dan mantan teman masa kecil, Isamu Alva Dyson yang keras kepala dan Guld Goa Bowman yang berdarah campuran Zentradi, dipilih untuk masing-masing menerbangkan pesawat baru (YF-19 dari Shinsei Industries & YF-21 dari General Galaxy) untuk Proyek Super Nova, guna menentukan penerus terbaru dari pesawat tempur variabel VF-11 Thunderbolt yang masih digunakan oleh pasukan militer U.N. Spacy. Dendam pribadi mereka akhirnya mengganggu uji coba dan mulai menimbulkan kekacauan pada program tersebut.